1、申请机构不同。版权登记的主管单位是国家版权局，商标注册的管理单位是国家工商行政管理局商标局;

2、保护对象不同。商标权保护的对象是文字、图形或者其组合构成的注册商标，版权主要保护是作者所所创的文学、艺术和科学作品;

3、保护期限不同。商标注册的有限期是10年，有限期满后可以续展注册;版权的保护期限为作者终生及其死亡后50年。

4、保护的目的不同。商标注册保护的目的是为了促进生产者保证商品质量和维护商标信誉，保障消费者的利益;版权则保护的目的是鼓励有益于社会的作品创作和传播，促进社会文化和科学事业的发展和繁荣。

商标注册和版权登记的相同之处：

1、商标注册权和版权同属知识产权并且都是无形资产，受到法律的保护;

2、商标权版权都受时间和地域限制。