虽然知识产权诉讼属于民事诉讼的一种，但因知识产权的保护对象、权益等的不同，使得两者存在着一些区别。

1、法律关系复杂

在知识产权诉讼中，往往既涉及到财产权利，又涉及到人身权利。侵权诉讼中或出现侵权纠纷和权属纠纷以及与第三人的合同纠纷并存的情况，或出现因当事人各自拥有不同类型的知识产权而形成权利冲突的情况，这些都使知识产权诉讼的法律关系复杂化。

2、主体广泛

在知识产权诉讼中，权利人、权利受让人、被许可人以及其他利害关系人都有可能成为诉讼主体。法院在审查起诉时，应仔细审查他们之间的转让和许可合同，并应分别情况，确定诉讼主体的资格。

3、取证与举证困难

由于知识产权客体具有无形的特点，加上对侵权行为的判断又需要专业技术知识。因此，在知识产权诉讼中无论是当事人对侵权事实证据的提供，还是就已提供的证据进行说服，都比证明有形财产侵权要困难得多。

4、争议点专业技术性强

知识产权诉讼中，诉讼争议的焦点有多且专业技术性强的特点。在诉讼案件审理时，一般需要首先确认权利归属，或确定原告是否享有受法律保护的权利以及该权利的范围;其次，在对被告的侵权行为的认定上，往往需要法官对侵权标的进行技术上和专业上的比较、判断，如果不具备相关的专业背景，没有丰富的知识面，就难以真正把握知识产权诉讼的争点。